冷凍干燥機利用冷凍干燥技術，即是將含水物質，先凍結成固態，而后使其中的水分從固態升華成氣態，以除去水分而保存物質的方法。

具體在使用時，首先要對冷凍干燥機各部件進行徹底的清潔，以便保持設備的良好狀態，以及衛生條件

在進行設備清潔操作時，注意不同的部件要使用不同的清潔液進行清潔，一般不銹鋼的部件使用乙醇進行清洗，有機玻璃使用生理鹽水進行清洗，安瓿瓶用超聲波清洗機進行清洗

其次，在正式開始使用前，必須要先進行預凍，以便達到良好的脫水效果

具體的預凍操作，需要準備低溫冰箱，將溫度設置到零下40攝氏度，或者是零下80攝氏度后，把準備干燥的物品置于低溫冰箱或液氮中，一般需要四個小時左右，可以直接從外面進行觀察到，物品完全冰凍結實后，才可進行冷凍干燥的實驗，把物品迅速移動到冷凍干燥機托盤之內，以保證冷凍干燥效果

最后需要注意的是，在冷凍干燥機在正式使用前必須檢查真空泵以及原位型冷凍干燥機玻璃罩的氣密性，以及冷凍干燥機主機與真空泵之間由綠色的真空管連接處的密封性（可以涂抹適量真空脂）